常用的使用方式有，拌肥根施，这种使用方式通常选用固体海藻精来进行田间操作，混合其它肥料一起施入土壤中，通过调节土壤状况、提高活性，为植物创造更好的根系生长环境，促进植物根系发育生长。种子浸泡，一般选用海藻精浓缩液稀释过后浸泡要使用的种子，试验证明浸泡过海藻精溶液的种子发芽率和抗逆性显著提高，种子萌发率也更高气叶面喷施，叶面喷施是常用的方式，可以快速为植物补充所需养分，满足其生长发育的需要，特别适合采用叶面喷施法在果树中果期进行喷洒，能够提高果实产量；新的研究证明，在水稻返青期、分蘖期、孕穗期叶面喷施海藻精溶液可以提高水稻的产量，效果明显。
海藻肥的作用研究表明，海藻肥可以改善土壤团粒结构，增加有机质含量，防止土壤板结。有研究报道海藻肥的施用释放了许多阴离子，而阴离子可以修复被环境和重金属污染的土壤，缓解金属离子对作物的作用。孙锦等研宄发现，在番茄上的喷施一定量的海藻肥可以显著提高番茄抗逆性，促进番茄生长提高其节水率。丁晨曦等研究表明，海藻肥的施入可以提高种子的萌发率，并增强其长势。研宄表明，海藻肥的施入可以活化土壤，提高植物的抗逆性。
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